Заеднички комитет за следење (ЗКС) е орган формиран од претставници од земјите учеснички во прекуграничните програми со цел правилно спроведување на програмата. ЗКС обезбедува дека спроведувањето на прекуграничната програма се врши ефикасно и квалитетно и во согласност со одредбите во член 110 од Регулативата за имплементација на ИПА.