НАО е висок функционер во државната администрација на Република Македонија. НАО е назначен од страна на Владата на РМ. НАО ги исполнува следниве функции и ги носи следниве одговорности:
Како раководител на Националниот фонд има севкупна одговорност за финансиски менаџмент на средствата од ЕУ во земјата и во тоа што корисникот е одговорен за законитоста и регуларноста на основните трансакции. Одговорен е за ефикасно функционирање на системите за управување и контрола според ИПА.