Заедничкиот технички секретаријат (ЗТС) е орган формиран од органот на управување на прекуграничната програма и претставници од земјите-учеснички или од оперативните структури во земјите-учеснички во прекуграничната програма со цел помагање на тие тела и ЗКС при извршување на нивните должности. ЗТС може да има антени во секоја од земјите-учеснички. ЗТС е всушност одговорно тело на дневното спроведување на програмата.