Оперативни структури се тела или збирови на тела во рамките на државната администрација на Република Македонија, кои се одговорни за управување и спроведување на ИПА програмите од првите четири ИПА компоненти, во согласност со принципот на солидно финансиско управување. Оперативните структури вршат голем број на функции како што се наведени во член 28 од Регулативата за имплементација на ИПА.