Втората ИПА компонента опфаќа прекугранична соработка која подразбира активности меѓу (потенцијални) земјите-кандидатки и земјите-членки, како и прекугранични активности помеѓу земјите-кандидатки и потенцијални кандидатки за членство. Главната цел на оваа ИПА компонента е да се промовира одржливиот економски и социјален развој во пограничните области, за решавање на заедничките проблеми во животната средина, природното и културното наследство, јавното здравје и спречување и борбата против организираниот криминал, за да се обезбеди ефикасност и безбедност на границите, како и да се промовираат локалните акции меѓу граѓаните од пограничните области.